Осенью 1919 года Красная армия разгромила вооруженные силы Юга России. Во второй половине ноября их остатки, эвакуированные в Крым, возглавил генерал-лейтенант П. Н. Врангель. Оказывая ему помощь, державы Антанты стремились превратить их в главную силу вооруженной оппозиции советской власти. Из Турции в Севастополь были возвращены русские корабли, уведенные интервентами зимой и весной 1919-го. Поэтому к концу этого года на Черноморско-Азовском театре белогвардейцы располагали морскими силами, значительно превосходившими морские силы РСФСР: 2 линкора, крейсер, 2 вспомогательных крейсера, 10 эсминцев, 12 канонерских лодок, 4 подводные лодки, минный заградитель, 5 тральщиков, 10 плавучих батарей, 18 сторожевых катеров, более 80 транспортов и вспомогательных судов, десантный батальон и авиаотряд из 6 самолетов.

Сохранившаяся в Крыму система базирования сил флота позволяла командованию врангелевского флота поддерживать в боевой готовности большую часть корабельного состава, а положение Севастополя на театре – обеспечивать благоприятный для себя режим в северо-западном районе Черного моря и в Керченском проливе. Кроме того, в Черном море действовали и объединенные морские силы держав Антанты – более 90 кораблей, включая 9 линкоров и 14 крейсеров.

На боевую готовность белогвардейских морских сил сильно влияли острый дефицит младших корабельных специалистов и обстановка в офицерской среде, расколотой на конфликтующие между собой группы.

В середине сентября 1920-го войска П. Н. Врангеля начали наступление по всему фронту. Первоначально им сопутствовал успех, однако на завершающем этапе кампании 1920 года войска советских Южного и Кавказского фронтов перешли в контрнаступление и заставили противника отступить в Крым.

В середине ноября 1920 года войска Южного фронта под командованием М. В. Фрунзе провели успешную Чонгарско-Перекопскую наступательную операцию и 15 ноября 1920 года взяли Севастополь и Керчь.

При эвакуации из Крыма остатков врангелевских войск и гражданских лиц, не пожелавших оставаться в Советской России, в Турцию ушли 2 линкора, крейсер, вспомогательный крейсер, 11 эсминцев, 4 подводные лодки, 11 канонерских лодок, 3 плавбатареи, 12 катеров, 4 тральщика, 45 вспомогательных судов, более 30 коммерческих пароходов, шхун и катеров. Последней оставила Ялту днем 15 ноября канонерская лодка «Гайдамак» под флагом начальника штаба Черноморского флота контр-адмирала Н. Н. Машукова. В сильный шторм, заставший караван на пути к Босфору, погибли эсминец и несколько небольших судов с экипажами и пассажирами.

В Константинополе войска и беженцы перешли на берег, а флот 21 ноября 1920 года был переформирован в Русскую эскадру, которая, по согласованию с французским правительством, в середине января 1921 года перешла в военно-морскую базу Бизерта (Тунис) на Средиземном море.

Военная гавань Сиди-Абдала в озере, соединенном с морем 30-километровым каналом, стала для нее последней стоянкой. Первоначально численность экипажей вместе с семьями составляла около 5,5 тыс. человек. Однако уже скоро большинство русских моряков было вынуждено покинуть Бизерту. Оставшихся с семьями разместили на линкоре «Георгий Победоносец».

На кораблях, не выходивших в море, велась боевая подготовка. Действовали офицерские классы и Севастопольский Морской корпус, в котором числилось 60 офицеров и преподавателей, 235 гардемаринов и кадетов. Под редакцией командира подводной лодки «Утка» капитана 2-го ранга Н. А. Монастырева издавался литографированный «Морской сборник».

В 1921–1922 годах французские власти выделили средства и предоставили производственные мощности для докования и ремонта нового линкора, крейсера, 9 эсминцев и 4 подводных лодок. Канонерские лодки, тральщик, вспомогательные суда флота и 11 коммерческих судов, ранее принадлежавших русским судоходным обществам, были конфискованы, а средства от их продажи были направлены на погашение долговых обязательств бывшей Российской империи перед Францией.

29 октября 1924 года в связи с признанием Советского Союза Французской Республикой Андреевские флаги были спущены, экипажи расформированы, а корабли перешли в ведение военно-морского префекта Бизерты. 6 мая 1925 года был расформирован и Морской корпус.

В январе 1925-го в Бизерту была командирована техническая комиссия во главе с академиком А. Н. Крыловым и военно-морским атташе Е. А. Беренсом. Однако возвратить оставшиеся корабли не удалось из-за отказа советского правительства от уплаты царских долгов, а французского – от удовлетворения встречных претензий по возмещению ущерба от интервенции. В 1930–1936 годах русские корабли, находившиеся в Бизерте, были утилизированы.

В начале Гражданской войны Русский Север державами Антанты рассматривался как регион, наиболее удобный для вторжения на территорию РСФСР и ведения совместных действий с войсками вооруженной оппозиции. Высадившись в Архангельске в августе 1918-го, войска и речные силы интервентов и белогвардейцев неоднократно предпринимали попытки прорваться вверх по Северной Двине для последующего выхода в северные районы Западного Приуралья и соединения с войсками Сибирской армии А. В. Колчака. Советская 6-я отдельная армия оборонялась против них при содействии Северодвинской военно-речной флотилии (СДВРФ).

В августе 1919 года в ее составе под командованием В. Н. Варваци насчитывалось 6 плавучих батарей, 6 канонерских лодок, 5 сторожевых судов, 8 сторожевых катеров, минный заградитель, 7 тральщиков, 5 посыльных судов, 2 вооруженных буксира, вспомогательные суда различного назначения и Северный воздушный дивизион (12 гидросамолетов и истребителей).

Против СДВРФ действовали британские речные корабли специальной постройки – 5 мониторов и 5 канонерских лодок с орудиями калибром до 175 мм, тральщики, 10 быстроходных моторных катеров и белогвардейская флотилия – 5 плавбатарей, вооруженных 152-мм орудиями, 5 канонерских лодок и 3 вооруженных парохода.

Воздушные силы противника насчитывали до 100 различных летательных аппаратов.

В начале осени 1919 года наступление интервентов и белогвардейцев было остановлено.

21 января 1920 года части Красной армии вошли в Архангельск, оставленный интервентами и белогвардейцами. В Мурманске советская власть была восстановлена 13 марта того же года. К этому времени в портах Русского Севера находились остатки бывшей флотилии Северного Ледовитого океана, белогвардейских морских сил Белого моря и Ледовитого океана (линкор, подводная лодка, 3 вспомогательных крейсера, 3 крейсера-заградителя, 2 эскадренных миноносца, канонерская лодка, 7 плавбатарей, 10 тральщиков, 8 катеров-истребителей и вспомогательные суда), из которых 24 апреля 1920 года были сформированы Морские силы Северного моря (МССМ). Их начальником был назначен В. Н. Варваци.

В боях на Севере интервенты и белогвардейцы потеряли 2 монитора, 2 тральщика, вооруженный пароход, несколько катеров и самолетов.

Потери, понесенные морскими силами РСФСР в ходе Гражданской войны и иностранной интервенции, включали 2 крейсера (были захвачены британскими властями, пока находились в Англии на ремонте), 2 миноносца, сторожевое судно, 17 тральщиков, 2 посыльных судна, минный заградитель, плавбатарею, вооруженный пароход, 2 ледокола, 2 самолета.

Морские силы РСФСР в начале 1918 года включали Сибирскую (вспомогательный крейсер, канонерская лодка, 5 эскадренных миноносцев, 9 миноносцев, 2 тральщика, 3 посыльных судна, 4 военных транспорта, вооруженный ледокол, гидрографическое судно, 6 вспомогательных судов), и Амурскую (18 канонерских лодок, 2 посыльных судна, несколько вспомогательных судов) флотилии.

В феврале 1920 года они вошли в состав Народно-революционного флота Дальневосточной Республики (ДВР).

25 февраля части Народно-революционной армии ДВР вошли во Владивосток, освободив его от интервентов и белогвардейцев, которые, уходя, увели в корейский порт Гензан канонерскую лодку и более 30 вспомогательных судов и катеров. Корабли и суда, оставленные ими, были без команд или небоеспособны по техническому состоянию.

В ноябре 1920-го была воссоздана Амурская флотилия, корабельный состав которой в основном сохранился. Из оставшихся во Владивостоке кораблей и судов был сформирован Отряд судов особого назначения Тихого океана. Эти формирования вошли в состав Морских сил Дальнего Востока (так с 17 ноября 1920 года стал называться бывший Народно-революционный флот ДВР, вошедшей в состав РСФСР двумя днями ранее).