Впервые мысль об отправке военных судов на Дальний Восток из Балтийского или Белого моря была высказана в 1732 году президентом Адмиралтейств-коллегии адмиралом Н. Ф. Головиным.

В 1785 году основатель Российско-американской компании Г. И. Шелихов обратился к русскому правительству с проектом, в котором предлагалось «для избежания дороговизны и убытков, и вообще худого доставления… тяжелых, в цене же дешевых вещей… отправление сие делать морем, кругом света…»

На этот проект правительство Екатерины II выделило необходимые средства. Начальником экспедиции был назначен капитан 1-го ранга Г. И. Муловский, однако из-за войн, которые в это время вела Россия, осуществить замысел не удалось, а сам Г. И. Муловский погиб во время Русско-шведской войны 1787–1790 годов.

В 1800 году лейтенант И. Ф. Крузенштерн, будущий адмирал и один из основателей отечественной океанографии, представил в Адмиралтейств-коллегию свой проект кругосветного плавания. В 1802-м он вновь представил по команде доклад с обоснованием необходимости кругосветной экспедиции, и на этот раз его предложение было принято.

Для экспедиции были приобретены два трехмачтовых военных транспорта – шлюпы «Надежда» (430 т) и «Нева» (370 т). Юридически они принадлежали Российско-американской компании, но император Александр I разрешил поднять на них Андреевские флаги. Команды обоих судов набирались только из добровольцев. Командование всем отрядом и первым судном было возложено на И. Ф. Крузенштерна, командиром второго шлюпа был назначен Ю. Ф. Лисянский.

На Дальний Восток и далее в Северную Америку экспедиция должна была проследовать по так называемому западному маршруту, разработанному И. Ф. Крузенштерном.

Кроме военных моряков, в экспедиции приняли участие ученые – астрономы и естествоиспытатели. При содействии Г. А. Сарычева экспедиция была снабжена самыми лучшими астрономическими и навигационными приборами и инструментами. Перед выходом экспедиции в море ее начальнику была поставлена новая задача – доставить в Японию дипломатическую миссию графа Н. П. Резанова.

26 июля (7 августа) 1803 года оба судна вышли из Кронштадта. После непродолжительной стоянки в Копенгагене они перешли в английский порт Фалмут, из него – в Санта-Крус-де-Тенерифе на Канарских островах, откуда направились к берегам Южной Америки. 14 (26) ноября 1803 года суда под российскими флагами впервые пересекли экватор.

В конце 1803-го «Надежда» и «Нева» подошли к острову Святой Екатерины у побережья Бразилии, где провели больше месяца из-за ремонта рангоута «Невы». В начале 1804 года, обогнув мыс Горн, шлюпы вышли в Тихий океан, где во время шторма потеряли друг друга. Соединившись у острова Нуку-Хива (архипелаг Маркизские острова), они проследовали к Сандвичевым (Гавайским) островам, откуда «Надежда» направилась в Петропавловск, а «Нева» – к острову Кадьяк.

Шлюп «Надежда» прибыл в Авачинскую губу 3 (15) июля 1804 года и сдал в порт привезенные из европейской части России грузы. Завершив ремонт и пополнив запасы продовольствия и воды, он направился к берегам Японии и 26 сентября (8 октября) стал на якорь в гавани Нагасаки. Миссия Н. П. Резанова успехом не увенчалась: японцы даже не приняли подарков, предназначавшихся их императору. Весной 1805 года «Надежда» покинула Нагасаки, Японским морем проследовала вдоль западного побережья острова Хоккайдо и через пролив Лаперуза вошла в Охотское море. Следуя по этому пути, И. Ф. Крузенштерн проводил гидрографические работы, предусмотренные планом экспедиции. 23 мая (4 июня) 1805 года «Надежда» прибыла в Петропавловск, где Н. П. Резанов со своими спутниками сошел на берег, и командир «Надежды» смог целиком посвятить время научным исследованиям.

До осени 1805-го «Надежда» находилась в Охотском море, где участники экспедиции занимались гидрографическими работами, описанием восточного побережья Камчатки и северного побережья Сахалина.

Попытка И. Ф. Крузенштерна войти в Амурский лиман не удалась. Наткнувшись на малые глубины, он не рискнул идти дальше, а времени на производство промеров у него уже не оставалось.

23 сентября (5 октября) 1805 года «Надежда» из Петропавловска отправилась в Макао (Аомынь), где была назначена встреча судов экспедиции перед возвращением в Россию.

«Нева», в соответствии с полученными Ю. Ф. Лисянским инструкциями, сначала проследовала к Алеутской гряде. Выполнив описание острова Кадьяк и ряда других островов, она зашла Новоархангельск, где приняла на борт товары компании, предназначавшиеся для отправки в Китай, и также направилась в Макао. На переходе судно едва не погибло на рифе, получившем его имя, у острова, названного в честь Лисянского. Затем в том же районе был обнаружен еще один риф, названный рифом Крузенштерна. Затем «Нева» оказалась на пути сильнейшего тайфуна, получив повреждения корпуса, рангоута и такелажа, а также потеряв часть предназначавшейся для продажи в китайском порту пушнины.

Соединившись в Макао, суда вместе перешли в Кантон (Гуанчжоу) и здесь задержались до начала 1806 года, занимаясь продажей мехов, после чего пересекли Индийский океан, а на подходах к мысу Доброй Надежды во время дождевого шквала опять разлучились.

И. Ф. Крузенштерн направился к острову Святой Елены – месту встречи, назначенному для такого случая. Здесь он узнал о войне между Россией и Францией и во избежание захвата судна сразу ушел от острова и проследовал в Балтийское море, обходя Британские острова с севера. Не дождавшись Лисянского на рейде датского города Хельсингера, Крузенштерн перешел в Копенгаген, а затем проследовал в Кронштадт, куда пришел 7 (19) августа 1806 года.

«Нева», потеряв из вида «Надежду», проследовала в английский Портсмут, не заходя на остров Святой Елены. Здесь Ю. Ф. Лисянский ожидал И. Ф. Крузенштерна до начала июля 1806-го, после чего направился в Кронштадт и прибыл в Россию 22 июля (3 августа) 1806 года.

Первое кругосветное плавание русских моряков не было научной экспедицией, однако вклад его участников в исследование Мирового океана значителен.