Наступление XIX века принесло в Россию реформы государственного управления: по вступлении на престол молодой император Александр I создал Государственный совет («Непременный совет»), шла активная работа над новыми законами, но требовалась и новая система государственного управления, способная оперативно решать множество нарастающих проблем внутренней и внешней политики. 8 сентября 1802 года Александр I подписал манифест «Об учреждении министерств».

Так было образовано Министерство морских сил Российской империи.

Первоначально в его составе были сформированы только Военная по флоту канцелярия (1802 год) и Департамент министра морских сил (1803 год). В 1805-м Главное адмиралтейское управление было разделено на Адмиралтейств-коллегию и Адмиралтейский департамент с присоединением их к министерству и возложением председательствования в Адмиралтейств-коллегии на министра морских сил.

В 1804 году был учрежден Генеральный кригсрехт для флота, вскоре упраздненный ввиду восстановления общего для морских и сухопутных вооруженных сил Генерал-аудиториата, в котором положено было иметь двух членов от морского ведомства.

В 1812 году образованы Аудиториатский департамент и Главное медицинское управление морским ведомством в лице флота генерал-штаб-доктора с помощником, генерал-штаб-лекарем.

Образование Министерства морских сил на смену устаревшей форме коллегии ознаменовало новый шаг в развитии системы управления флотом Российской империи на основе укрепления вертикали власти и установления единоначалия, то есть персональной ответственности чиновников за состояние дел на всех уровнях администрирования.