3 августа 1992 года состоялась встреча глав государств России и Украины, по итогам которой было заключено Ялтинское соглашение. Для формирования на Черном море флота Российской Федерации и военно-морских сил Украины договаривающиеся стороны решили установить переходный период до 1995 года включительно, при этом Черноморский флот СССР подлежал разделу. На переходный период Черноморский флот выводился из состава Объединенных Вооруженных Сил СНГ (Содружество Независимых Государств) и подчинялся непосредственно Президентам Российской Федерации и Украины.

Руководство Украины длительный переходный период в три года не устраивало. Потребовались протесты и сложные переговоры между государствами, чтобы заставить украинскую сторону соблюдать Ялтинское соглашение.

17 июня 1993 года президентами Российской Федерации и Украины было подписано Соглашение «О неотложных мерах по формированию ВМС Украины и ВМФ Российской Федерации на базе Черноморского флота».

9 июня 1995 года в городе Сочи президентами Российской Федерации и Украины было подписано новое Соглашение по Черноморскому флоту:

– основной базой Черноморского флота Российской Федерации остался город Севастополь;

– сохранилось базирование сил Черноморского флота Российской Федерации в ряде других пунктов в Крыму;

– Российской Федерации передавались 81,7%, а Украине 18,3% кораблей и судов Черноморского флота СССР.

28 мая 1997 года были подписаны соглашения «О параметрах раздела Черноморского флота», «О Статусе и условиях пребывания Черноморского флота на территории Украины», «О взаиморасчетах, связанных с разделом Черноморского флота и пребыванием Черноморского флота Российской Федерации на территории Украины» со сроком действия до 2017 года и возможностью автоматического продления. Принятые соглашения действовали до присоединения Крыма и Севастополя к Российской Федерации в 2014 году.

Главной военно-морской базой Черноморского флота России остался исторический пункт базирования ВМФ – город Севастополь, который остается таковой до настоящего времени.

12 июня 1997 года на кораблях Черноморского флота Российской Федерации был поднят Андреевский флаг.

Большое значение в сохранении Черноморского флота имела активная деятельность адмирала И. В. Касатонова.