В 1961 году США приступили к развертыванию в Турции, в районе города Измира, стартовых позиций и ракетных комплексов с ядерными боеголовками PGM-19 «Юпитер» с дальностью стрельбы 2,4 тыс. км. Они представляли смертельную угрозу крупнейшим городам на европейской части Советского Союза и его столице Москве.

Руководство СССР пришло к выводу, что блокировать эту угрозу может только адекватный ответный шаг. Таковым стало размещение советских ракет средней дальности на территории Кубы. Имея дальность стрельбы до 4 тыс. км, они могли держать под прицелом Вашингтон и около половины баз стратегической авиации США.

Перед тем как сделать окончательный выбор в пользу такого решения, Первый секретарь ЦК КПСС Н. С. Хрущев публично высказал свое возмущение фактом размещения ракет в Турции, однако мировая общественность предпочла промолчать, и, поскольку альтернативы размещению ракет на Кубе не было, началась подготовка операции «Анадырь».

К июню 1962 года Генеральный штаб Вооруженных сил СССР разработал план по ее прикрытию, разработкой и осуществлением которого руководил Маршал Советского Союза И. Х. Баграмян. Предполагалось ввести американцев в заблуждение касательно места назначения отправлявшихся на Кубу военных грузов. Всем советским военнослужащим, техническому персоналу и другим сопровождавшим «груз» сообщали, что они направляются на Чукотку. Для большей достоверности этой легенды в порты направлялись вагоны с зимним обмундированием, которое выдавалось только тем, кто служил в районах Крайнего Севера. Но, несмотря на такое масштабное прикрытие, у операции был один существенный изъян: невозможно было скрыть ракеты от регулярно облетавших Кубу американских самолетов-разведчиков U-2. Таким образом, план заранее разрабатывался с учетом того, что американцы обнаружат советские ракеты до того, как все они будут смонтированы. Единственный выход, который сумели найти военные, – разместить несколько зенитных батарей уже на Кубе в местах разгрузки.

Ракеты, другие вооружения и боевую технику, личный состав соединений и частей, предназначавшихся для развертывания на Кубе, доставили в 6 разных портов от Североморска до Севастополя. Для переброски войск выделили 85 судов. Ни один капитан перед отплытием не знал о характере принятых на борт грузов и о пункте назначения. Каждому из них вручили запечатанный пакет, который следовало вскрыть в море в присутствии замполита. В конвертах было предписание следовать на Кубу, избегая контакта с кораблями НАТО.

Первая партия баллистических ракет средней дальности была разгружена на Кубе 8 сентября, вторая партия – 16 сентября. Дивизионы баллистических ракет развернули на западе острова близ деревеньки Сан-Кристобаль и в центре Кубы у порта Касильда. Основные войска были сконцентрированы вокруг ракет в западной части острова, однако несколько крылатых ракет и мотострелковый полк были переброшены на восток Кубы и размещены в сотне километров от военно-морской базы США в заливе Гуантанамо. К 14 октября 1962 года на Кубу прибыли все 40 ракет и большая часть необходимого оборудования.

Несмотря на то, что размещение советских ракет на кубинской территории было закономерным ответом на недружественные действия США – в Европе были развернуты аналогичные американские ракеты, нацеленные на СССР, – американские власти, в очередной раз применив политику двойных стандартов, установили военно-морскую блокаду Кубы. СССР заявил о незаконности этих действий и пообещал симметричный ответ в случае нападения американских ВМС на советские суда. Ситуация осложнялась вплоть до 27 октября 1962 года, когда напряженность достигла пика. В этот день мир был ближе всего к ядерной войне. Тем не менее, благодаря проведению сложнейших переговоров, трагического сценария удалось избежать. Советские ракеты были выведены с Кубы в обмен на снятие военно-морской блокады и гарантии ненападения американцев на Остров Свободы (как иногда называли кубинского государство), а также вывод американских ракет из Турции. Однако американская угроза оставалось серьезной из-за развернутой к тому времени системы базирования ракет США на подводных ракетоносцах. Этот факт предопределил задачи и приоритеты развития Военно-морского флота СССР на весь оставшийся период «холодной войны».