Во время эвакуации Одессы 13–14 марта 1918 года содействие отрядам Красной Армии огнем артиллерии линкоров «Ростислав» и «Синоп» позволило вывести все находившиеся там корабли, суда и плавсредства, на которых в Крым были доставлены персонал и имущество партийных и советских учреждений, войска одесского гарнизона и беженцы.

При отступлении из Николаева, эвакуацию которого организованно осуществить не удалось, противнику были оставлены находившиеся в различной стадии готовности линкор «Демократия», 4 крейсера, 4 эсминца, 2 подводные лодки, 8 десантных судов типа «Эльпидифор», 2 ремонтирующиеся подводные лодки и несколько вспомогательных судов.
На Днепре немцам достались корабли, ранее выведенные с Дуная.

Сокращение корабельного состава флота, ограничение его деятельности в соответствии
с условиями Брест-Литовского мирного договора, вывод кораблей в резерв или сдача в порты на долговременное хранение резко понизили боевые возможности Морских сил РСФСР
в Черном море. Личный состав в связи с демобилизацией, уходом моряков на фронт
и дезертирством сократился с января до середины апреля почти в 4 раза и насчитывал всего
6,7 тыс. человек.

Положение на юге и угроза потери флота вызывали серьезное беспокойство у правительства
и высшего военного командования РСФСР. С целью сохранения Крыма и главной базы Севастополя, предотвращения посягательств на эту территорию со стороны украинских националистов и стоявшей за ними Германии 21 марта 1918 года была образована Советская социалистическая республика Таврида в составе РСФСР. Вместе с тем Морской Генеральный штаб представил Высшему военному совету доклад с предложением перевести черноморские корабли в Новороссийск.

Предложения военно-морского командования были приняты, и Центральному комитету флота Черного моря были даны соответствующие указания. 29 марта было принято решение
о подготовке Новороссийского порта к перебазированию его главных сил, хотя, по мнению военно-морских специалистов, он мог служить «только как временное убежище для наиболее ценной части флота».

16 апреля 1918 года в Севастополь была направлена директива Коллегии Наркомата по морским делам, одобренная Высшим военным советом. ЦК флота предлагалось привести
в боевую готовность новейшие линкоры «Воля», «Свободная Россия», эсминцы, подводные лодки, необходимое число вспомогательных судов, приморскую крепость Севастополь, подготовить корабли к переходу в Новороссийск.

Около 22:30 29 апреля из Севастополя вышли 12 эсминцев, 2 миноносца, 10 сторожевых катеров-истребителей и 6 военных транспортов с отрядами красноармейцев и моряков, работниками советских учреждений.

Вечером 30 апреля 1918 года команды кораблей, оставшихся в Севастополе, были поставлены
в известность о намерении германского военного командования осуществить их захват.

Большинство кораблей вновь подняли Андреевские флаги и стали готовиться к уходу
в Новороссийск. Около 23:00 германская полевая артиллерия с Северной стороны открыла огонь по трем выходившим из бухты эсминцам и повредила один из них – «Гневный», который выбросился на берег. Команда покинула его, подорвав машины. Огонь германской артиллерии не позволил выйти в море и подводным лодкам.

Уйти смогли только линкоры «Воля» и «Свободная Россия», которым снаряды полевых орудий не могли причинить серьезного вреда. 2 мая 1918 года они прибыли в Новороссийск.

В Севастополе остались 7 устаревших линкоров, 3 крейсера, 7 эсминцев, 2 миноносца,
15 подводных лодок, более 170 вспомогательных судов и плавсредств. Все они были захвачены германскими войсками, вступившими в Севастополь утром 1 мая 1918 года. 8 мая немцы оккупировали Ростов, а через несколько дней германские корабли вошли в Азовское море
и атаковали войска Красной Армии, действовавшие на его восточном побережье, и корабли Азовской флотилии. В начале июня 1918 года германские войска с согласия правительства Грузинской Республики высадились в Поти. Новороссийский порт не располагал необходимыми техническими средствами и материальными запасами для базирования главных сил Черноморского флота. Береговая оборона этой базы включала только 2 артиллерийские батареи, вооруженные 152-мм орудиями, которые к этому времени уже утратили боеспособность.

11 мая 1918 года главнокомандующий германскими войсками на Восточном фронте обвинил российскую сторону в нарушении условий мирного договора и потребовал немедленно возвратить корабли в Севастополь. В ответной ноте советское правительство опротестовало действия германской стороны и предложило разоружить силы Черноморского флота, оставив их в Новороссийске, однако это компромиссное предложение не было принято.

24 мая 1918 года было решено уничтожить корабли, которые могли попасть в руки Германии или Турции. Однако добиться исполнения соответствующего приказа оказалось непросто.

Вопрос о выполнении директив центральной власти решался открытым голосованием командиров и представителей судовых комитетов, собравшихся на линкоре «Воля».
79 делегатов высказались за потопление кораблей, 29 – против и 28 воздержались.

Утром 16 июня 1918 года среди всего личного состава был проведен своеобразный «референдум». 939 человек высказались за возвращение в Севастополь, 640 – за потопление кораблей, более 1000 человек воздержались. За уничтожение кораблей высказалось большинство команд эскадренных миноносцев «Керчь», «Лейтенант Шестаков», командиры
В. А. Кукель, С. А. Анненский, С. И. Лепетенко, В. А. Алексеев, С. В. Панфилов, Е. С. Гернет.

Временно исполнявший обязанности начальника Морских сил Черного моря А. И. Тихменев отдал приказ готовиться к переходу. Ему подчинились команды линкора «Воля», эсминцев «Беспокойный», «Дерзкий», «Громкий», «Поспешный», «Пылкий», «Жаркий» и «Живой», на которые перешли и сторонники возвращения в Севастополь с других кораблей. Всего же на готовых к переходу кораблях собралось около 730 человек, что не позволяло укомплектовать даже ходовые вахты.

Около 11:00 17 июня 1918 года корабли, уходившие из Новороссийска, стали вытягиваться на рейд.

«Свободной России» уйти не удалось из-за отсутствия многих специалистов из машинной команды. Кроме нее, в Новороссийске остались эсминцы «Керчь», «Пронзительный», «Гаджибей», «Калиакрия», «Фидониси», «Капитан-лейтенант Баранов», «Лейтенант Шестаков», миноносцы «Сметливый», «Стремительный», посыльное судно, 10 катеров-истребителей,
6 военных транспортов, многие из которых не смогли выйти в море из-за отсутствия экипажей.

Переломным моментом стало прибытие рано утром 18 июня на «Керчь» представителя центрального правительства. К утру 19 июня все корабли Черноморского флота, которые предпочли гибель позорной сдаче Германии, были затоплены.

Личный состав уничтоженных кораблей Черноморского флота (около 2 тыс. человек) был направлен на доукомплектование кораблей и частей Морских сил Балтийского моря, флотилии Северного Ледовитого океана, военных флотилий на Волге и морских отрядов, сражавшихся на суше.

Судьба кораблей, ушедших в Севастополь, была незавидной. Согласно подписанному
в сентябре 1918-го советско-германскому соглашению, они были отданы Германии на хранение до конца войны.

Перед уходом из Севастополя интервенты разграбили и уничтожили материальные запасы
в порту, взорвали машины и вывели из строя механизмы на 5 русских линкорах, крейсере
и 3 эсминцах, затопили 12 подводных лодок, а линкор «Воля», посыльное судно «Алмаз»,
6 эсминцев, 3 подводные лодки и значительное число транспортов увели в турецкий порт Измид в Мраморном море. Часть устаревших русских кораблей была передана Добровольческой армии.